Es desconeixen les veritables causes de les inundacions a Kuban, que van cobrar diversos centenars de vides i van destruir milers de cases. Tot i això, hi ha diverses teories sobre aquest tema, tant oficials com "populars".
La nit del 7 de juliol, va començar una inundació a Kuban, que va destruir cases a Gelendzhik, Novorossiysk, Krymsk i diversos pobles. En aquell moment, quan va aparèixer el primer avís del Ministeri d’Emergències, els supervivents ja estaven asseguts als terrats de les cases i van morir la gent gran, nens i discapacitats, que no van poder escapar. Aquest fet ens permet argumentar que, en part, centenars de persones van ser culpables dels representants del Ministeri de Situacions d’Emergència, que no van avisar a temps del desastre i no van organitzar l’evacuació.
Una de les causes de les inundacions s’anomena massa pluja. Segons les declaracions oficials, una pluja de cinc mesos va colpejar Kuban en un dia, provocant que els rius es desbordessin i inundessin les ciutats. Krymsk va resultar especialment malmès, on el nivell d'aigua en alguns llocs va superar la marca dels tres metres. El cabal era tan fort que els cotxes i fins i tot els camions es van bolcar sota la pressió de l’aigua.
La versió no oficial que rebutgen els funcionaris és el trencament de l’embassament de Neberdzhaevsky o la descàrrega organitzada o automàtica d’aigua d’aquest. En particular, els representants del Comitè d’Investigació van poder establir que l’aigua del pantà drenava realment quan va començar la pluja intensa, però no es pot precisar precisament que això va provocar la tragèdia. També hi ha rumors que el desguàs no era automàtic, sinó especialment organitzat, perquè els oficials van tenir una elecció: inundar el Krymsk o deixar que l'aigua passés per altres zones de Kuban, inclosa la zona on es troba la dacha del president Putin. Aquesta versió no es va confirmar ni rebutjar.
I finalment, la teoria oficial diu que la inundació a Kuban es va deure al desenvolupament de zones perilloses per inundacions. Per evitar que la tragèdia torni a passar, es va rebre la instrucció de Gosprirodnadzor, Rosvodresursam i Roshydromet de prendre totes les mesures necessàries. Es va decidir restaurar els llocs hidrològics al més aviat possible, per assegurar el millor funcionament de les estacions meteorològiques a Krymsk i Novorossiysk i prendre mesures per prevenir els nous desastres naturals.
